两次不起诉后监视居住还会被起诉吗

根据法律的规定，案件退侦限两次。如果案件退侦两次，认定证据不足，就会做出不起诉的决定，同时将案件退回机关。机关也就会做出撤案处理，而不是决定不起诉，决定不起诉的职权，只能由行使。决定不起诉后，监视居住的强制措施执行单位也就转移到了机关，只要机关做出撤销案件的决定，同时就会做出撤销监视居住强制措施的决定。取保候审后，机关将案件移交公诉科，证据不足公诉科可发回机关补充侦查。补充侦查，是指机关或者人民依照法定程序，在原有侦查工作的基础上，对案件中的部分事实情况作进一步调查、补充证据的一种诉讼活动。案子到审查起诉，重新打回进行的才算补充侦查人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。
监视居住的执行机关？
监视居住由机关和机关执行。
1.公、检、法三机关均可作出监视居住的决定。
2.必须由机关执行，所以和作出的监视居住的决定，也应当由机关执行；有关危害的案件，由机关执行
法律依据：《刑事诉讼法》第一百七十一条人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。